perso je pense qu'il va également y avoir un problème de masse du second alternateur.
tu référence ta batterie 24v sur la caisse (forcement si tu veux du 24) mais la référence réelle de ta batterie est en fait au 12v de l'autre, ce qui va poser un problème sur l'alternateur, qui lui sera par contruction à la masse de la caisse.
donc ta batterie 24 (et l'alternateur qui l'alimente ne seront pas à la même référence)

j'suis pas sur que je m'explique bien là...
franchement, la solution à ton problème est de mettre 2 alternateurs, qui sont référencés tous les 2 à la caisse, mais 1 de 12v et 1 de 24v.
tu rajoute juste une batterie alimentée par l'alternateur 12 et son utilisation pour elle toute seule, en plus, tu touche pas à tous le reste du reseau du katkat